Thông thường, những viên ngọc đẹp, có hình dáng, màu sắc hoàn hảo được sử dụng làm trang sức. Còn những viên khiếm khuyết (chỉ dùng màu trắng) được nghiền nhỏ thành bột mịn làm nguyên liệu cho các vị thuốc hoặc mỹ phẩm cao cấp. Do ngọc trai chứa nhiều canxi (81%), protein (15%) và các chất vi lượng (đồng, kẽm, sắt..) và nhiều loại acid amin, có tác dụng dinh dưỡng cao nên dược phẩm từ ngọc trai có thể giúp giảm stress, tăng độ sáng cho mắt, chữa các bệnh về xương khớp, giúp mau lành vết thương... Dùng dược phẩm có nguyên liệu ngọc trai vào ban ngày sẽ giúp cho cơ thể hưng phấn, đầu óc minh mẫn, giảm mệt mỏi. Nhiều tài liệu còn chứng minh bột ngọc trai giúp nồng nàn hơn trong "chuyện ấy". Bột ngọc trai tự nhiên có tác dụng làm sạch và làm trắng da, duy trì làn da mịn màng, tăng độ đàn hồi, giảm vết nhăn cho da, ngăn ngừa lão hóa, làm săn chắc cơ mặt, giúp khuôn mặt khi trang điểm bắt phấn tốt hơn.
Để có bột ngọc trai tốt, trước hết phải chọn loại ngọc tinh khiết, khử trùng bằng nước sôi, rồi nghiền thành bột mịn, sau đó bảo quản trong lọ thuỷ tinh hoặc sứ để giữ nguyên được công dụng của bột ngọc trai.